فضانوردان و سگ روباتیک آنها AMEE (Autonomous Mapping Evaluation and Evasion) با جست و جو در مریخ به دنبال راه حل هایی برای نجات زمین در حال مرگ می گردند، اما ماموریت به طرز وحشتناکی دچار مشکل می شود.
شهر انسانی صهیون از خود در برابر تهاجم عظیم ماشینها دفاع میکند، زیرا نئو برای پایان دادن به جنگ در جبههای دیگر میجنگد و در عین حال با مامور سرکش اسمیت نیز مخالفت میکند.
مبارزان آزادی نئو، ترینیتی و مورفیوس به رهبری شورش علیه ارتش ماشین ادامه می دهند و زرادخانه مهارت ها و سلاح های فوق العاده خود را در برابر نیروهای سیستماتیک سرکوب و استثمار آزاد می کنند.
وقتی یک غریبه زیبا، هکر کامپیوتر نئو را به دنیای زیرین ممنوعه هدایت میکند، حقیقت تکان دهنده را کشف میکند - زندگی که او میداند فریب دقیق یک اطلاعات سایبری شیطانی است.